Окончил механико-математический факультет МГУ имени М. В. Ломоносова в 1962 году. Кандидат физико-математических наук.
Ведущий научный сотрудник Института системного анализа РАН. Автор более 100 статей и нескольких монографий по теории управления, глобальному моделированию, стратегии ведения ядерной войны.
С 1998 года занимается политической журналистикой, опубликовал несколько сотен статей в российских и зарубежных СМИ. Лауреат премии «Золотой гонг-2001» в области международной журналистики. Публиковался на сайте «Грани.ру». С июня 2011 года публикуется на сайте kasparov.ru. Некоторые статьи Пионтковского публикует сайт Форум.мск. Член международного Пен-клуба.
25 сентября 2007 года Басманный суд Москвы начал рассматривать дело о признании книги «Нелюбимая страна» экстремистской. Эксперт прокуратуры обнаружила призывы к насилию и уничижительные высказывания по отношению к лицам «еврейской, американской, русской и других национальностей» в словосочетаниях «возбуждение расовой и национальной розни» и «козлы позорные». 5 декабря 2008 года Басманный суд Москвы снял все обвинения в экстремизме.

10 марта 2010 года Андрей Пионтковский подписал обращение российской оппозиции «Путин должен уйти» (подпись № 3). Он являлся одним из основных его авторов:
"Я, как известно, был инициатором и автором письма "Путин должен уйти""
В последующих статьях Пионтковский неоднократно подчёркивал важность этого обращения и призывал граждан подписать его:
"Преодолейте свой страх или своё равнодушие, уважаемый читатель, и бросьте свою малую песчинку на весы русской истории. Поставьте подпись здесь".
В 2010 году вышел из партии «Яблоко», в результате принятого съездом партии решения о запрете членства в других политических организациях. Был избран членом Политсовета движения «Солидарность».
30 июня 2011 года в Москве прошла презентация новой книги А. А. Пионтковского «Третий путь к рабству». Это сборник статей на темы внешней и внутренней политики, а также состояния гражданского общества в России за период с 1999 по 2011 год при правлении Путина и его команды.

В феврале 2016 года покинул Россию, опасаясь уголовного преследования, после обнаружения Генпрокуратурой признаков экстремизма в статье «Бомба, готовая взорваться», опубликованной на сайте «Эхо Москвы» (*включены в реестр СМИ-иноагентов). Материалы расследования Генпрокуратуры были переданы начальнику следственного управления ФСБ для решения вопроса об уголовном преследовании по признакам преступления, содержащимся в ч. 2 ст. 280 (публичные призывы к осуществлению экстремистской деятельности, совершённые с использованием средств массовой информации) и ч. 1 ст. 282 (возбуждение ненависти либо вражды). Проживает в США.
18 августа 2023 года Министерство юстиции России включило политолога Андрея Пионтковского в реестр «иностранных агентов».
"А.А. Пионтковский выступал против специальной военной операции на Украине, распространял недостоверную информацию о принимаемых органами публичной власти Российской Федерации решениях и проводимой ими политике. Принимал участие в создании и распространении для неограниченного круга лиц информационных материалов иностранных агентов. Проживает за пределами Российской Федерации", — говорится в сообщении.
Позиция относительно событий на Украине
Почти за месяц до проведения крымского референдума — 21 февраля 2014 года, в интервью интернет-порталу литовского национального радио и телевидения, Пионтковский заявил, что «Кремль стремится разделить Украину и аннексировать Крым, а Запад не может сдержать Россию, так как политика президента США Барака Обамы такая же бесхребетная, как и политика Европейского Союза…».
14 марта 2014 года, в статье под названием «Последняя стадия» Пионтковский заявил, что «Технология и пропагандистское обеспечение путинской аннексии Крыма столь ученически списаны с гитлеровских судетских прописей, что сравнение двух государственных деятелей, бывшее ещё совсем недавно уделом „отморозка и отщепенца“ Шендеровича, стало сегодня мейнстримом мирового политического дискурса…». Также он подписал обращение против политики российской власти в Крыму.
В сентябре 2014 г. подписал заявление с требованием «прекратить агрессивную авантюру: вывести с территории Украины российские войска и прекратить пропагандистскую, материальную и военную поддержку сепаратистов на Юго-Востоке Украины».
О чем пишет в своем ТГ-канале проукраинский пблицист (об этом свидетельствуют го публикации):





